Spółki zajmujące się handlem w intrenecie lub poprzez punkt sprzedaży często prowadzą magazyn towarów. Prowadzenie magazynu jest najlepszą metodą na szybki wgląd w ilość posiadanych towarów danego typu. Zdarza się, że stany magazynowe się różnią od faktycznych. Najczęściej te różnice są wykazywane przy inwenturze i mogą wynikać z różnych przyczyn m.in. od niepoprawnego przyjęcia towaru lub wydania niepoprawnej liczy sztuk.
Spółki e-Commerce ze względu na swoją specyfikę często posiadają cyfrowy obieg dokumentów. Taki charakter pracy często wymusza obieg dokumentów z biurem rachunkowym w postaci elektronicznej. Przekazywanie faktur sprzedaży, kosztowych oraz wyciągów umożliwia sprawne i niemal automatyczne rozliczanie zapłat. Odpowiednio zdefiniowane schematy księgowania zdarzeń podnoszą jakość świadczonej usługi lecz jednocześnie wymagają dużej skrupulatności.